Inzake vrijwaring wordt de Commissie geraadpleegd door de directie Cultureel Erfgoed over de vraag of het raadzaam is een goed te beschermen of op de bewaarlijst in te schrijven, en dit voor zowel gebouwen als landschappen. Aan het einde van de procedure formuleert de Commissie een antwoord op de eventuele opmerkingen of bezwaren van de eigenaars en de gemeenten. De Commissie kan ook op eigen initiatief een goed voordragen voor bescherming of bewaring. De uiteindelijke beslissing om een goed al dan niet te vrijwaren komt aan de Regering toe.

In het geval van een beschermd of op de bewaarlijst ingeschreven goed (waarvoor de onderzoeksprocedure loopt of dat definitief beschermd is), zijn alle uit te voeren werken onderworpen aan een unieke stedenbouwkundige vergunning. In het Brussels Gewest heeft de unieke vergunning betrekking op zowel stedenbouwkundige als erfgoedkundige aspecten. De aanvraag wordt ingediend bij de administratie (Urban.brussels) en bestaat uit een stedenbouwkundig en een erfgoedkundig luik. De gemachtigde ambtenaar levert de vergunning af in naam van de Regering.

Voor een deel van de aanvragen moet het advies van de KCML worden ingewonnen*. Dat advies is eensluidend (m.a.w. bindend) voor de beschermde delen wat betekent dat de voorwaarden uit het advies opgenomen moeten worden in de unieke vergunning. In geval van geschil kan tegen de unieke vergunning beroep worden aangetekend bij de Regering.